Fajardo iniciou a sua carreira nos Pescadores da Costa da Caparica, passando depois pelos Belenenses, pelo Atlético e pela Naval 1º de Maio, antes de chegar ao Vitória, em 2007/2008.

Fez duas épocas em Guimarães, e depois passou pelo Panthrakikos (Grécia), novamente pelos Belenenses, representou o Santa Clara, e em 2011 assinou pelo Farense.

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