Alves fez a sua formação, enquanto futebolista, na Sanjoanense e no Benfica.

Ao longo da sua carreira profissional, passou pelo Varzim, Montijo, Boavista, Salamanca, Benfica e PSG (França).

Foi internacional por 36 vezes.

Como treinador, João Alves trabalhou no Boavista, Estrela da Amadora, Vitória, Belenenses, Salamanca, Campomaiorense, Farense, Académica de Coimbra, Leixões e Servette (Suíça)...

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